Die bewegte Geschichte der Hauptschule St.Gertraud begann im Schuljahr 1953/54. Zwei Klassen fanden damals im alten Volksschulgebäude Platz.

Für über 220 SchülerInnen war der 5. Dezember 1959 ein besonderer Festtag. Herr Bundespräsident Dr. Adolf Schärf eröffnete den Neubau der Hauptschule. In den folgenden Jahren stieg die Schülerzahl erheblich.

Aufgrund der gestiegenen Schülerzahl musste an Vor-und Nachmittagen unterrichtet werden. Ein Zubau mit Turnsaal war dringend nötig. Die Schülerhöchstzahl von 540 SchülerInnen in 17 Klassen wurde im Schuljahr 1973/74 erreicht. Der neue Hauptschulzubau wurde 1975 von Landeshauptmann Leopold Wagner seiner Bestimmung übergeben.

Österreichweit bekannt wurde die Hauptschule St.Gertraud mit dem Schulversuch "Integrierte Gesamtschule", der im Schuljahr 1970/71 mit den ersten Klassen begann. Der Versuch wurde unter wissenschaftlicher Betreuung durchgeführt.

Im Schuljahr 1985/86 wurde mit dem Informatikunterricht begonnen.Damit leisteten die damals unterrichtenden Kollegen Pionierarbeit.

Während der Sommerferien 1991 wurden die baulichen Maßnahmen für die neue Schulbibliothek durchgeführt. 2002 wurden ansprechende Bibliotheksmöbel angeschafft.

Der ältere Teil der Schule wurde im Sommer 2003 einer großzügigen Generalsanierung unterzogen.

Im Jahr 2007 erfolgte die Umgestaltung des Schulhofes. Der Hof wurde als Pausenhof für die Schüler gestaltet.

Mit Beginn des Schuljahres 2013/14 wurde aus der Hauptschule St. Gertraud die Neue Mittelschule St. Gertraud unter der Leitung von Michael Drießen. Mit der Installierung des "Lerncafés" im April 2015 unterstützt durch Mondi und der Caritas wurde ein erster Schritt Richtung "ganztägigem Schulangebot" gesetzt.